El 5 de Septiembre de 1881, el exclaustrado Fr. José M.ª de la Santísima Trinidad entregaba la iglesia a los Padres Pablo de Santa Teresa, Estanislao del Niño Jesús y Fernando de la Inmaculada Concepción. La parte del antiguo convento, que les daba para vivienda, era muy reducida. Con la esperanza de hacer una buena fundación, fueron soportando las incomodidades y las impertinencias del citado P. José M.ª. Ante la imposibilidad de ampliar el local y pasando el tiempo sin conseguir mejorar las condiciones de vida, a petición del Definitorio de la Provincia de Navarra, el Definitorio General acordó la supresión de la fundación el 4 de enero de 1884.

Volvió el P. José M.ª a encargarse de la iglesia. Restaurado el convento de franciscanos de San Buenaventura, fueron ellos quienes se encargaron del servicio del Santo Ángel, hasta que en 1904 tomaron posesión definitivamente nuestros padres. El P. Venancio de Jesús M.ª, a la sazón Provincial de Castilla, envió a Sevilla al P. Luís M.ª del Sgdo. Corazón de Jesús. Era arzobispo de la metrópoli sevillana el Cardenal Marcelo Spínola y Maestre, quien dio su licencia el día 1 de julio y prometió facilitar y ayudar a los padres en todo lo que pudiese. El 18 de julio concedía la Sagrada Congregación de Religiosos el rescripto de fundación, al que daba su visto bueno el Definitorio General el día 20 del mismo mes.

El día 3 de octubre de 1904, D. Manuel Estrada y Fernández Peñaranda, en nombre del Cardenal, hacía entrega de la iglesia y sus dependencias al P. Luís M.ª. Aunque muy estrechamente, la comunidad, compuesta solamente por dos o tres religiosos, consiguió acomodarse. Hata enero de 1905 no llegó el que habría de ser el primer Superior de la casa, P. Narciso de San José, que solo estuvo hasta Julio, pues, restaurada la Semiprovincia, volvió a Castilla. Elevada a Vicariato la residencia, fue nombrado Superior el P. Luís M.ª, que inmediatamente inició las negociaciones para recuperar el antiguo convento. La parte que daba a la calle Rioja estaba ocupara por la Económica y la parte que daba a la calle Lombardos, hoy Muñoz Olivé, pertenecía a la Hacienda pública, que la había alquilado a particulares al abandonarla el cuerpo de Carabineros.

Valiéndose en Madrid de las influencias del Marqués de Mondéjar, pudo recuperarse la parte de la calle Lombardos. Al arrendatario, D. Francisco Narbona y Beltrán, hubo que entablarle pleito para que abandonase las dependencias. Recibidas éstas, se iniciaron inmediatamente las obras necesarias, que se prolongaron por la penuria económica de la comunidad hasta 1908. Fue recuperándose la economía doméstica y en 1917 se pensó en la edificación del edificio conventual. Se encargó del proyecto al famoso arquitecto, constructor de la Plaza de España y de los edificios de la Exposición Iberoamericana, D. Aníbal González y Álvarez Osorio. Quiso éste reedificar de nuevo todo, pero las exigencias de las ordenanzas municipales no lo permitieron, sino perdiendo parte del solar. Conservando entonces los muros primitivos, se reformó totalmente la distribución interior y se replanteó de nuevo la fachada recubriéndola de ladrillo, lo que le dio un aspecto nuevo y original.

Al P. Luís M.ª y a la generosidad de D. Francisco de Paula Recur se debe la culminación de estas obras, que fueron avanzando lentamente, pues hasta octubre de 1926 no se pudo poner la clausura, finalizadas ya totalmente.

El convento, en líneas generales, cambió poco desde aquella fecha hasta 1941 en que se adaptó el anterrefectorio para salón de conferencias y reuniones, aunque con especiales privilegios a la Hermandad del Valle, a la que se cedió el salón en usufructo. En 1950 se adaptó parte del piso alto para Curia Provincial y almacén de MIRIAM.

La iglesia ha sido mejorada y ampliada. Cuando tomaron posesión de ella solo tenía la nave central. En 1924 se reformó completamente la capilla del Sagrario. En 1934 las capillas laterales del lado de la epístola se comunicaron entre sí formando una hermosa nave, que amplió mucho la capacidad de la iglesia, aunque quedó asimétrica, por lo que toda la ilusión de la Comunidad se centró en conseguir los terrenos para abrir otra nave similar al lado del evangelio. Este sueño se vio hecho realidad durante el trienio en que fue Superior de la casa el P. José Antonio del Niño Jesús (1960-1963). D. Pedro Escribano, que había adquirido las casas contiguas regaló el terreno necesario con algunas condiciones. Se construyó la tan deseada nave. Se reformó la capilla del Sagrario, colocando un nuevo Sagrario de plata y el maravilloso Cristo, llamado de los Desamparados, obra cumbre de Martínez Montañés. También se tiró la techumbre de la iglesia que amenazaba ruina y se rehizo con vigas de hierro.

En 1963, se construyó, para librería y dependencias de la revista MIRIAM, un cuerpo de edificio sobre lo que era antigua capilla del Carmen, en la calle Rioja, a la derecha del atrio de la iglesia, según se entra desde dicha calle.

En los años 70 se inicia la construcción de un gran edificio comercial en el espacio que ocupaba el antiguo convento y los locales de la contigua Sociedad Económica. Mientras se realiza la construcción del nuevo convento, que ocupará una de las plantas del nuevo edificio, los religiosos trasladan su residencia a “la alquería” en la cercana localidad de Santiponce, desde donde siguen atendiendo el culto de la iglesia.

El 12 de Septiembre de 1983, el arzobispo D. Carlos Amigo Vallejo inauguraría y bendeciría el nuevo convento. Posteriormente, una reforma que se termina en el 2009 adecentaría la clausura y las estancias comunes de los religiosos.